A Área de Inovação surgiu junto com a instituição do SergipeTec, ou seja, desde 2004 e é parte fundamental de sua atuação.
A Área de Inovação foi criada na fundação do Sergipetec, sendo o braço de estímulo ao empreendedorismo e à criação de startups. Um dos seus mais antigos mecanismos é a Incubadora de Empresas, um ambiente criado para apoiar a criação de novos empreendimentos inovadores. Em 2008 foi inaugurado o CISE – Centro Incubador de Empresas de Sergipe, uma iniciativa realizada em parceria com a UFS – Universidade Federal de Sergipe e a I-TEC – Incubadora de Empresas de Base Tecnológica e apoiada com recursos da FINEP – Financiadora de Estudos e Projetos, para o desenvolvimento de uma Incubadora focada na área de Petróleo e Gás. Em 2005, foi inaugurada a Incubadora de Design de Sergipe, focada em desenvolver empresas dessa área; e por fim, foi criada a Incubadora de Empresas Multissetorial, que agregou as diversas iniciativas em um único projeto.
Outro importante mecanismo é a atração e execução de projetos de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação, voltados para apoiar o desenvolvimento de novas tecnologias e estimular a sua inserção na sociedade. É por meio da atração e execução de projetos e programas que a Área de Inovação capta recursos, públicos e privados, para alcançar seus objetivos.