A Área de Inovação surgiu junto com o SergipeTec, ou seja, desde 2004, e é parte fundamental de sua atuação, foi criada na fundação do Sergipetec, sendo o braço de estímulo ao empreendedorismo e à criação de startups. Um dos seus mais antigos mecanismos é a Incubadora de Empresas, um ambiente criado para apoiar a criação de novos empreendimentos inovadores.